Nivå Skole så dagens lys den 1. august 2011. På baggrund af et vigende elevtal besluttede Fredensborg Kommune i maj 2010 at sammenlægge Nivå Centralskole, Niverødgårdskolen og Karlebo Skole til én skole - Nivå Skole.
Man valgte at bibeholde de samme matrikler, men give dem nye navne. Efter en konkurrence blev det besluttet at navngive afdelingerne efter deres placering i kommunen. Den tidligere Karlebo Skole blev døbt Nivå Skole Vest. Nivå Centralskole fik navnet Nivå Skole Syd og Niverødgårdskolen kom til at hedde Nivå Skole Nord.
I forbindelse med sammenlægningen af skolerne blev det også vedtaget at gøre afdeling Nord til en ren udskolingsskole, mens Vest og Syd blev rene indskolingsskoler.
Ændringerne i skolestrukturen i Nivå Bysamfund betød selvfølgelig også store ændringer for elever og forældre. Nogle fik kortere til skole, mens andre fik en længere skolevej. Den nye struktur betød også, at eleverne nu skulle forholde sig til et afdelingsskift efter 5. klasse.
For lærernes vedkommende betød forandringerne, at nogle skulle skifte arbejdssted, og man skulle finde fælles fodslag blandt tre forskellige skolekulturer. For at opbygge og udvikle en fælles kultur anvendte ledelse og lærere en del af skolens første år på at finde frem til et fælles værdigrundlag.
I marts 2012 blev skolens nye værdier søsat for lærergruppen. Og i april 2012 afholdt Nivå Skole tre særlige værdidage, hvor eleverne gennem diskussion, leg og kreative udfoldelser skulle blive klogere på skolens værdier: Trivsel, samarbejde, faglighed og engagement.
I forbindelse med værdiprocessen udarbejdede Nivå Skole også en særlig værdibog, som alle elever fik med hjem. Værdibogen indeholder en udførlig beskrivelse af, hvad skolen gør for at leve op til værdierne.
I dag har hver klasse fire værdikort hængende i deres klasselokale. På hvert værdikort står en værdi, og en række udsagn, som eleverne mener kendetegner, at man lever op til de enkelte værdier.
Fra 1. august 2013 blev Nivå Skole Vest, den tidligere Karlebo Skole, lagt ind under Fredensborg Skole. Det betyder, at Nivå Skole i dag består af to afdelinger, Nord og Syd. På Syd går eleverne fra 0.-5. klasse, mens Nord huser eleverne fra 6.-9. klasse.
I forbindelse med en vedtaget byudviklingsplan i Nivå centrum, så skal der laves byfornyelse i Nivå centrum omkring Nivå Centret. Her skal Generationernes Hus bygges i forlængelse af Nivå Centret, og Nivå Skole er en del af dette store anlægsprojekt, hvilket vil sige, at Nivå Skole skal have ny skolebygning, som er planlagt til at være indflytningsklar i 2025. Byggeriet er planlagt at skulle starte 2023. Og som et led i processen omkring, at de to afdelinger skal være på samme matrikel og at der vil være et stort byggeri lige op ad afdeling syd, så er Nivå Skole fra sommeren 2022 nu samlet på afdeling Nord, som nu bare kommer til at gå under Nivå Skole